Con ponencia del Magistrado Carmelo Perdomo Cueter el Consejo de Estado- Sección Segunda- unificó su jurisprudencia en materia de contrato realidad, fijando para la solución de este tipo de controversias las siguientes sub reglas, dentro de las cuales destacan aquellas que se refieren a la prescripción de los derechos:

“i) Quien pretenda el reconocimiento de la relación laboral con el Estado y,en consecuencia, el pago de las prestaciones derivadas de esta, en aplicación del principio de la primacía de la realidad sobre las formalidades, deberá reclamarlos dentro del término de tres años contados a partir de la terminación de su vínculo contractual.

ii) Sin embargo, no aplica el fenómeno prescriptivo  frente a los aportes para pensión, en atención a la condición periódica del derecho pensional y en armonía con los derechos constitucionales a la igualdad e irrenunciabilidad a los  beneficios mínimos laborales y los principios de in dubio pro operario, no regresividad y progresividad.

iii) Lo anterior, no implica la imprescriptibilidad de la devolución de los dineros pagados por concepto de aportes hechos por el trabajador como contratista,  pues esto sería un beneficio propiamente económico para él, que no influye en el derecho pensional como tal (que se busca garantizar), sino en relación con las cotizaciones adeudadas al sistema de seguridad social en pensiones, que podrían tener inicidencia al momento de liquidarse el monto pensional.

iv) Las reclamaciones de los aportes pensionales adeudados al sistema integral de seguridad social derivados del contrato realidad, por su carácter de imprescriptibles y prestaciones periódicas, también están exceptuadas de la caducidad del medio de control (de acuerdo con el artículo 164, numeral 1, letra c, del CPACA).

v) Tampoco resulta exigible el agotamiento de la conciliación extrajudicial como requisito previo para demandar a través el medio de control de nulidad y erstablecimento del derecho, dado que al estar involucrados en este tipo de  controversias (contrato realidad) derechos laborales irrenunciables (cotizaciones que repercuten en el derecho a obtener una pensión), que a su vez comportan el carácter de ciertos e indiscutibles, no son conciliables.

vi) El estudio de la prescripción en cada caso concreto será objeto de la  sentencia, una vez abordada y comprobada la existencia de la relación laboral, pues el hecho de que esté concernido el derecho laboral de la persona (exactamente los aportes al sistema de seguridad social en pensiones), que por  su naturaleza es imprescriptible, aquella no tiene la virtualidad de enervar la  acción ni la pretensión principal (la nulidad del acto administrativo que negó la existencia del vínculo laboral).

vii) El juez contencioso-administrativo se debe pronunciar, aunque no se haya deprecado de manera expresa, respecto de los aportes al sistema de seguridad social en pensiones, una vez determinada la existencia del vínculo laboral ente el demandante y la agencia estatal accionada, sin que ello implique la adopción de una decisión extra petita, sino una consecuencia indispensable para lograr la efectividad de los derechos del trabajador.

De igual modo, se unifica la jurisprudencia en lo que atañe a que (i) el  consecuente reconocimiento de las prestaciones por la nulidad del acto administrativo que niega la existencia de la relación laboral y del tiempo de  servicios con fines pensionales proceden a título de restablecimiento del  derecho, y (ii) el ingreso sobre el cual han de calcularse las prestaciones dejadas de percibir por el maestro-contratista corresponderá a los honorarios pactados ( …) “

Aquí encontrarán el texto completo de la Sentencia de Unificación de la Sección Segunda del Consejo de Estado: Sentencia de Unificación Sección Segunda Contrato Realidad (2)